硬骨魚和軟骨魚是真魚的兩個大類，其中硬骨魚綱包含肉鰭亞綱和輻鰭亞綱，軟骨魚綱分為板鰓亞綱和全頭亞綱。它們最大的區別就是骨頭不一樣，前者的骨頭完全骨化，後者的則是完全由軟骨組成。另外，硬骨魚尾鰭上下對稱，大部分有魚鰾，軟骨魚的尾鰭上下不同，而且沒有魚鰾。
一、分類不同
魚的早期分類中，主要分為兩綱，一個是硬骨魚綱，另一個是軟骨魚綱，後來又加入了圓口綱，但後者的結構和人們認知的魚類不太一樣，所以前面兩種被合稱為真魚。硬骨魚又分為兩個亞綱，分別是肉鰭亞綱和輻鰭亞綱，而軟骨魚則分為板鰓亞綱和全頭亞綱。
二、骨頭不同
無論是硬骨魚還是軟骨魚，它們的外形特徵都大同小異，但骨頭卻大不相同。硬骨魚中的部分或全部骨骼已經骨化為硬骨質，鱗片為骨質板狀，頭骨還有接縫。而軟骨魚的骨頭完全由軟骨組成，雖然會鈣化，但並沒有真骨組織。這類魚的外骨骼不發達，有的甚至退化，身體表面為盾鱗。
三、特徵不同
硬骨魚的鰓間隔退化了，同時具有鰓蓋骨，尾鰭為正尾型，上下是對稱的，內部的尾椎末端向上翹起。另外大多數硬骨魚有魚鰾，可以調節身體比重，從而更好的上浮和下沉。軟骨魚的尾鰭為歪尾型，有的甚至呈鞭狀，鰓裂會單獨外露，而且沒有魚鰾，不過其肝部肥大，可以調節身體比重。
